A UNISF nasce de uma parceria entre a Universidade da Coruña (UdC), a Universidade de Santiago de Compostela (USC), a Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro (UTAD), a Universidade de Vigo (UVigo), a Universidade do Minho (UMinho) e a Universidade do Porto (U.Porto), que compõem a rede de universidades públicas da Eurorregião. Os reitores destas 6 universidades constituem o conselho da Fundação Centro de Estudos Eurorexionais (FCEER), fundação com a qual estas universidades executaram o Projeto UNISF.